1998~2007 重整起步 再創奇蹟
民國88年2月10日，奉教育部台（88）高（一）字第88014450號函，同意「中西醫結合研究所碩士班」招生。7月4日第13屆第13次董事會議通過成立第二屆校長遴選委員會，選出校友謝明村博士接任校長，7月30日舉行交接典禮。就任校長後，依法推動校務，揭櫫：營造安全溫馨校園，加強校園社團活動，促進教職員生和諧；建立行政體制，提高行政效率；建立學校與醫院溝通管道；建立人事升遷，提高教學服務品質，健全會計制度，使學校財務正常；推動學術研究，成立具有特色之研究群，爭取國科會等經費補助；推動中醫藥國際化及兩岸學術交流。
民國88年9月7日，教育部楊朝祥部長關心本校校務發展蒞校視察並參觀台中附設醫院。
88學年度，本校為落實建立行政體制，提高行政效率，積極推動校務行政全面電腦化，網路選課，建立營繕、採購、財產管理制度化，訂定本校「營繕工程及採購辦理要點」、「財產管理辦法及消耗性物品管理辦法」、「預算及經費稽核委員會組織章程」、「學生就學獎補助實施辦法」，會計更建立內部管理稽核，獲教育部私立大學整體校務發展較優學校之殊榮。
民國89年5月10日，本校申請改名「中國醫藥大學」奉教育部核定同意進行籌備。
民國89年5月26日，本校為維護中醫高等教育之發展，對於中醫師檢定考試及格者具取得「專門職業及技術人員高等考試」之中醫師應考資格提出修正意見書。該法第13條修正條文於本日經立法院三讀通過，本校中醫學系及後中醫學系之學生權益始獲維護，建立了中醫師考試之正規高等教育體系。
民國89年9月21日，深夜台灣發生7.3級地震，毀損建物、教學研究儀器設備，隨即成立「危機事件處理小組」，使學校迅速恢復上班上課，並向政府機關申請補助，使學校受損減至最低。
民國89年10月，為推動兩岸中醫藥學術交流，由謝明村校長率高尚德所長、蘇奕彰主任、陳必誠主任與黃維三教授等一行赴大陸作學術交流活動，於25日與北京中醫藥大學、26日與黑龍江中醫藥大學、27日與瀋陽藥科大學、31日與南京中醫藥大學，修正簽訂雙方學術交流協議書，啟動兩岸中醫藥學術交流之新頁。隨後陸續與福建中醫學院、香港東華三院、浙江中醫藥大學、南京中國藥科大學、瀋陽中國醫科大學、廣州中醫藥大學等中醫藥大學，簽訂學術交流協議書，內容如下：1.兩校教師及醫務人員相互交流。2.兩校教師及醫務人員遴選專題，進行合作研究。3.兩校研究生互相交流。4.醫藥典籍、文獻資料互相交流。5.交換圖書雜誌、期刊及著作。
民國89年11月16日，本校台中附設醫院20週年慶暨晉升醫學中心慶祝大會。
民國89年11月27日，與北港朝天宮續訂遷校「補充協議書」。
89學年度，本校積極改善研究環境，整合教師學術研究，成立各所系具有特色之研究群，以提昇研究風氣及水準。於89年12月1日獲國科會整合型研究計畫「提昇私立大學研發能量專案計畫」及教育部「提昇大學基礎教育計畫」之經費補助，並獲教育部私立大學整體校務發展推廣教育項目較優學校之殊榮。
民國89年12月27日，取得立夫教學大樓部分使用執照，開始啟用。行政、學術等單位辦公及學術研究環境獲得改善，並將舊有大樓拆除，闢建中庭草坪。民國89年12月28日，奉教育部台（88）高（一）字第88163715號函核定「營養研究所碩士班」設立，藥學系藥學組及中國藥學組合併。
民國90年1月12日，奉教育部台（90）高（一）字第90007122號函，准予成立「護理學研究所碩士班」。
民國90年2月8日，陳立夫董事長逝世，2月25日董事會第14屆第6次（臨時）董事會通過台中附設醫院院長蔡長海教授遞補為董事。3月18日董事會第14屆第7次（第二次臨時）董事會通過董事蔡長海當選為董事長。
民國90年3月23日，成立醫學系「醫學教育改革委員會」，因應醫學教育發展趨勢，實施醫學教育改革，並於7月11日更名為醫學系教改執行委員會，使組織架構更為完善，貫徹「問題導向小組學習」，整合基礎、臨床課程，提昇醫學教育成效。
民國90年4月20日，發行本校教職員生之校園IC卡，教職員IC卡可當作識別證及信用卡使用；學生IC卡則取代舊有之紙本學生證。
民國90年5月7日，本校為爭取醫師法修正案能維護中醫學系雙主修之權益，蔡長海董事長、謝明村校長、林昭庚董事、黃明和董事、張永賢副校長、蘇奕彰主任及中醫學系黃金子教授等師生分別赴立法院拜會朝野黨團說明及爭取支持。新修正醫師法於91年1月16日經總統公佈，本校中醫學系雙主修終於有法律之依據。
民國90年9月13日，謝明村校長、洪瑞松副校長、陳偉德院長、葉豐次總務長、吳杏仁學務長、張大為秘書、張黎明秘書及學生合唱團、國樂社、手語社等師生組團首次赴日本參加本校留日同學會主辦之音樂會。出席音樂會者有我國駐日羅代表、各國駐日大使、台灣各醫學院留日校友及眷屬，及日本友人等七百多人參加。本次組團除綿密校友間情感及增進校友對母校向心力外，亦進一步提昇校譽。